Funkcionalna klasifikacija odnosi se na sredstva iz budžeta klasificirana po namjeni za koju se troše. Zakon o budžetima Federacije Bosne i Hercegovine funkcionalnu klasifikaciju definira kao skup poslova, funkcija i programa Federacije, kantona, gradova i općina razvrstanih prema namjeni kojoj služe.
Za razliku od klasifikacije po administrativnim jedinicama (budžetskim korisnicima) koja je uglavnom jedinstvena za svaku zemlju, ekonomska i funkcionalna klasifikacija trebale bi biti usklađene sa međunarodnim standardima.
Neki od prijedloga budžeta koje smo analizirali sadrže funkcionalnu klasifikaciju, ali sredstva koja se izdvajaju iz budžeta razvrstana su samo po glavnim kategorijama kao što su: aktivnosti općih javnih službi, javni red i sigurnost, socijalna zaštita, ekonomske usluge, aktivnosti obrazovanja, zdravstvo itd. Međutim, funkcionalna klasifikacija morala bi biti mnogo detaljnije razrađena i usklađena sa međunarodnim standardima.