Jedan od najvećih problema u praćenju i analizi javnih finansija u Bosni i Hercegovini jest da nema standardiziranog i jedinstvenog sistema izvještavanja. Isti se troškovi prijavljuju pod različitim proračunskim linijama, ovisno o općini ili kantonu. To onemogućava usporedno mjerenje što znači da vlade, stručnjaci ili građani ne mogu usporediti učinkovitost i učinkovitost različitih općina ili kantona. Budući da fragmentirano izvještavanje vlasti i opći nedostatak podataka onemogućavaju angažman organizacijama civlinog društva ali i angažman građana to značajno smanjuje kvalitetu i količinu državnih usluga prema građanima. Dodatno nemoguće je napisati pravila, politike i preporuke zasnovane na dokazima na području javne potrošnje. Nestandardiziran sistem izvještavanja je u direktnoj vezi sa nepostojanjem veze između javnih politika, strateškog i operativnog planiranja, programskog budžetiranja i uvođenja funkcionalne klasifikacije.
